Att arbeta med jämställdhet inom ESI-fonderna är som tidigare nämnts ett skallkrav. När de operativa programmen utarbetas och genomförs ska jämställdhet främjas genom integrering av jämställdhetsprincipen på alla områden. Det gäller även övervakning, rapportering och utvärdering. Särskilda åtgärder inom alla investeringsprioriteringar ska bidra till jämställdhet.
De viktigaste programinstrumenten för programperioden 2014–2020 är partnerskapsöverenskommelsen och det operativa programmet.Här omsätts mål som satts på EU-nivå till nationell nivå. Nedan beskrivs hur jämställdhet kan integreras i arbetet med programinstrumenten. Även i detta avsnitt är standarden en rekommendation om hur processen bör ske på bästa sätt.